Neo Geo Pocket có khả năng tương thích chuyển tiếp với phần lớn các tựa trò chơi trên Neo Geo Pocket Color ra mắt sau đó, mặc dù các trò chơi có màu vẫn hiển thị ở chế độ đơn sắc trên Neo Geo Pocket. Tương tự như vậy, Neo Geo Pocket Color có khả năng tương thích ngược và toàn bộ thư viện game của Neo Geo Pocket cũng có thể chơi trên hệ máy màu.

Chỉ có 10 trò chơi đơn sắc phát hành cho Neo Geo Pocket trước khi máy bị ngừng sản xuất:

• Baseball Stars
• King of Fighters R-1
• Melon-chan's Growth Diary (không phát hành ở EU)
• Neo Cherry Master (không phát hành ở EU)
• Neo Geo Cup 98 (không phát hành ở EU)
• Neo Geo Cup 98 Plus (không phát hành ở JP)
• Pocket Tennis
• Puzzle Link (không phát hành ở EU)
• Samurai Shodown
• Syougi no Tatsujin - Master of Syougi (không phát hành ở EU)

Sau khi phát hành Neo Geo Pocket Color, một số tựa trò chơi bắt đầu có bản bản phát hành lại, cũng như hiển thị màu sắc. Trừ King of Fighters R-1, Melon-chan's Growth Diary, Samurai Shodown và Neo Geo Cup 98 gốc (phiên bản "Plus") cuối cùng cũng phát hành lại cho hệ máy màu.